L'Accademia ha in corso dal 2006 un programma edilizio di rifunzionalizzazione della sua sede finanziato principalmente dalla Compagnia di San Paolo e per una piccola parte dalla Regione Piemonte.
Il primo lotto dei lavori si è concluso nell'estate del 2007 ed ha riguardato il piano interrato e l'ammezzato ovest del piano terra. Nell'interrato, sono stati ricavati ampi locali adibiti a deposito dei periodici dell'Accademia e nell'ammezzato sono stati ristrutturati gli uffici provvisori della biblioteca.
Nello stesso tempo si è provveduto alla sistemazione della scala di accesso da via Maria Vittoria, dal piano interrato al primo piano, e all'adeguamento dell'impianto ascensore, con la sostituzione della cabina. Questa prima fase si è conclusa a fine 2007 con l'arredamento del deposito e il trasferimento delle collezioni dei periodici, prima collocati al terzo piano dell'edificio.
Con i risparmi conseguiti nella realizzazione di questi lavori si è proceduto, nel corso del 2008, alla ristrutturazione degli ammezzati destinati a locali di archivio (la parte est dell'ammezzato del piano terreno e del piano primo) e al rifacimento integrale della zona di ricevimento e custodia antistante la sala dei Mappamondi nonché al restauro del relativo soffitto (l'unico rimasto della costruzione originaria).
Un nuovo contributo concesso dalla Compagnia di San Paolo nell'ambito di una convenzione trilaterale con la Compagnia stessa e con la Fondazione Museo delle Antichità egizie, permetterà di estendere i lavori al secondo, al terzo e al quarto piano, al fine di destinare la sala Vallauri alle adunanze delle Classi e all'archivio di deposito, di spostare la presidenza e gli uffici direttivi al secondo piano, di completare la realizzazione dei locali di deposito e archivio del quinto piano nonché di dotare finalmente l'Accademia di un impianto antincendio completo. La fine di questo intervento è prevista per i primi mesi del 2011.